På land

Bergrunden i nationalparken består till största delen av granit och leptit. De sura bergarternas vegetation skiljer sig avsevärt från den som påträffas i skärgårdens kalkrika områden, där växtligheten är rikare och ymnigare. 

Floran i nationalparkenär typisk för mellan- och ytterskärgården. På de inre öarna i västra delen av nationalparken dominerar hällmarkstallskog. Öarnas skogstäcke glesnar österut och barrträden ersätts av lövskog med al, asp, björk, och ask. De lågvuxna lövträden bildar en maritim lövskog, en naturtyp som är unik för Stockholms och Ålands skärgårdar. 

Större växter påträffas endast i klippskrevor och på stenstränder, där fackelblomster och strandaster bildar färggranna rabatter. De öppna markerna på de inre delarna av Bullerö och Rågskär, de två största öarna i reservatet, sköts genom bete och slåtter. Utan skötsel skulle ängarnas och hagens växter konkurreras ut av högväxande gräs, örter och lövsly.

På de magra hällmarkerna finns också små kärr med vitmossor och hjortron. I kanterna växer kråkris, ljung och odon. Ytterskärgårdens vegetation för tankarna till den svenska fjällvärlden. Mycket blåst, hårda vintrar och regnfattiga somrar sätter sin prägel på naturen i skärgården liksom i fjällvärlden.

Reservatets saltstänkta och karga klippstränder tillhör lavarna. Strax ovanför vattenytan växer den svarta och hala saltlaven. Den enda växt som klarar av att ständigt översköljas av saltvatten. Utom räckhåll för vågornas skvalp växer ett bälte av kartlavar tätt tryckta intill berget. Till kartlavarna hör den vackert färgade praktlaven.

De öppna markerna på de inre delarna av nationalparken sköts genom bete och slåtter. Utan skötsel skulle ängarnas och hagens växter konkurreras ut av högväxande gräs, örter och lövsly.

I nationalparken finns flera fågelskyddsområden med tillträdesförbud under häckningssäsongen. Dessa är skyltade på plats. 

• Djurliv