Nationalparken är hem åt flera olika arter av däggdjur, fåglar, fiskar och insekter. 

Däggdjur

Många av däggdjuren som lever i parken ser du inte när du vandrar eftersom de är skygga och undviker lederna där vi människor rör oss. I nationalparken finns bland annat älg, rådjur, hare, ekorre, räv, grävling, mård, hermelin, mink, fladdermöss och olika mindre gnagare.

Några djur som kommit till området efter att det blev nationalpark 1984 är gråsäl, björn och bäver. Gråsäl är vanligt förekommande medan björnen och bävern är mera sällsynt. Även bisamråtta har setts och har sannolikt spridit sig hit runt Bottenviken från Finland. Vintertid kan du även få syn på spår av utter. 

Spår av lo ses varje år i Skuleskogen, men inga lodjur bor i området året om. Lodjur kan röra sig över stora områden och kommer troligen på besök från de södra delarna av Höga Kusten där det finns fler lodjur.

Fåglar

Många fåglar trivs i nationalparken, bland annat tretåig hackspett, större och mindre hackspett, spillkråka och gråspett, som är Ångermanlands landskapsfågel.

Smålom finns också i nationalparken och är ganska vanlig. Dessutom häckar tranor i de centrala delarna av Skuleskogen där det finns många myrar.

Av rovfåglarna finns här bland annat bivråk, fjällvråk och fiskgjuse. Havsörn dyker allt oftare upp vid nationalparkens mer kustnära delar. Under vår och höst är det ofta yngre örnar som är på besök i trakten.

I de östra delarna av Skuleskogen, nära kusten, har det under senare år hörts mindre flugsnappare och lundsångare. De är exempel på östliga arter som kan komma att etablera sig i nationalparken framöver.

Fiskar

I Skuleskogens sjöar och tjärnar finns främst abborre och i den nedre delen av Ävdalsbäcken (Viksbäcken) vandrar havsöring och flodnejonöga upp för att leka.

I havet finns framför allt sik, havsöring, strömming, gädda, abborre och hornsimpa. Den inre delen av Kälsviken är ett viktigt lekområde för sik och havsöring. I Salsviken leker abborre och gädda.

Insekter

Skuleskogens nationalpark är en av få platser i landet där jättepraktbaggen förekommer. Den är beroende av varma tallskogar och trivs därför i området. Kala sydvända klipphällar och sluttningar får ett varmare klimat. Det ger upphov till bland annat de torra varma tallskogar som är viktiga för många insekter. I glesa tallskogar med stor solinstrålning och döda träd trivs många insekter som lever i den döda veden.