Naturen i Skuleskogens nationalpark är karg och brant, vilket gjort att människor inte bosatt sig här permanent genom historien. Skuleskogen har alltid varit en skiljevägg mellan bygderna norr och söder om skogen. Området söder om skogen kallades Sunnanskogs och området i norr kallades Nolaskogs, begrepp som lever kvar än idag. Det var relativt lite kontakt mellan dessa bygder och blev även en språkgräns mellan olika dialekter. Denna uppdelning är anledningen till att gränsen mellan Kramfors och Örnsköldsviks kommuner går där den går i dag.

Det har ända sedan Norrstigen på 1200-talet funnits en enkel väg genom området, vilken senare utvecklades i etapper från att vara en vandringsstig till dagens E4, med ungefär samma sträckning än idag.

Gravrösen

De första spår som finns efter människor i Skuleskogens nationalpark är i form av ett trettiotal gravrösen; gamla gravar i form av stenhögar, med kistrum i mitten. Dessa byggdes av människor som kom sjövägen till området och som jagade och fiskade här runt 1500-500 år f.v.t. Gravrösena ligger idag på den höjd som havsstranden fanns vid den tiden, cirka 35m över dagens havsnivå.

Fäbodar

Under senare tid har Skuleskogen varit utmark, det vill säga främst använts för skogsbete, av byarna norr och söder som skogen. I nationalparken har det funnits flera fäbodplatser dit folk i närliggande byar tog med sina djur om somrarna (främst kor, får och getter) för att spara betet närmare gårdarna. Några utvalda, ofta unga kvinnor, fick följa med för att vakta och mjölka djuren. Av mjölken ystades ost och kokades mese. Grädden kärnades till smör. 

Fäbodpigorna bodde i fäbodstugor och djuren fick nattetid sova i fähus. Vid Näskebodarna finns det fortfarande några ursprungliga byggnader kvar. Norrsvedjebodarna (Skrattabborrtjärn) var en annan fäbodplats, men här är alla byggnader borta.

En del av dagens leder följer till viss del de gamla fäbodstigar som användes för att ta sig till fäbodplatserna.

Skogsbruk

Skogsbruket var fram till slutet av 1800-talet begränsad, där närliggande byar bara plockade enstaka träd för ved eller virke. När sågverksindustrin sedan växte avverkades stora delar av skogen i omgångar, men sedan början av 1900-talet har det mesta av dagens skog stått orörd.

Skogsbränder

Skuleskogen har brunnit under historien, som så många andra skogar, vilket är ett naturligt tillstånd och en förutsättning för en succession i en naturlig skog. Den senaste branden dateras till 1700-tal, vilket syns på en del äldre tallar, oftast på hällmarker eller i dess närhet. Spåren på tallarnas stammar kallas brandljud. 
I modern tid har endast små delar av skogen brunnit. Ett synligt tecken på att större delen av Skuleskogen undgått brand är den stora grandominansen som idag råder. Områden med lövdominans är troligen ett resultat av olika huggningar under de senaste 150 åren.

Skydd av området

Skuleskogens rika naturvärden dokumenterades redan på 1960-talet och skydd i form av tillfälliga naturreservat infördes 1974 och 1976, varefter området blev permanent naturreservat 1979. Skuleskogens nationalpark bildades 1984.